El territorio de Sant'Apollinare, estuvo habitado desde la época prerromana ya que se encontraron cerca de él, cerca de la antigua calzada romana (la frentana) de las tumbas itálicas. En cuanto al nombre aunque no se sabe con precisión la época en la que surgió, tiene orígenes muy antiguos antes del año mil, probablemente el siglo VIII después de Cristo. Por obra de algún grupo bizantino descendió de Rávena para defender la bizantina Ortona que se encuentra cerca. El primer documento que habla de ello es un diploma de 1047 con el que el emperador Enrique III confirmaba al abad de San Giovanni in Venere la posesión de la iglesia de Sant'Apollinare. De esta época (siglos XI-XII) data el castillo, situado en el extremo oriental de la localidad y que aún conserva algunos vestigios de estructuras medievales. Otros documentos muestran que la ciudad, después de haber sido empleada por la Abadía de San Giovanni in Venere, fue propiedad como feudo de varias familias, entre ellas los Caprara di Guardiagrele, los Caldora di Vasto.

Sant'Apollinare, que era administrado como municipio independiente, se añadió en la época napoleónica a la ciudad de San Vito, pero siempre ha conservado las características de la ciudad en sí misma, con estructuras económicas y sociales autónomas. Durante la Segunda Guerra Mundial el país fue escenario de varias batallas por la conquista de la ciudad de Ortona por las tropas aliadas y fue sede de la primera división de infantería y de la primera brigada blindada canadiense comandada por el general Chris Vokes. Habiendo sido destruidos algunos edificios, después de la guerra los Santapollinaresi eran en gran parte agricultores y siendo el pueblo situado en una colina entre el río Moro y el torrente Feltrino a sólo tres kilómetros del mar, se dedicaron a la plantación de uvas de mesa y aún hoy las uvas de mesa de Sant'Apollinare siguen siendo uno de los méritos de la pequeña ciudad.

En 1423, la reina Juana II concedió plena inmunidad de recaudación a los ciudadanos de Sant'Apollinare, porque tanto el pueblo como el castillo habían sido destruidos tras las guerras libradas en ese territorio entre angevinos y aragoneses. Tras la dispersión de la población, hacia la mitad del siglo XV llegaron a poblar Sant'Apollinare algunos albaneses, seguidores del famoso condotiero Giorgio Castriota llamado Scanderbeg, que huyeron de sus tierras ante el avance de los turcos y de otros pueblos de origen Schiavon procedentes de Dalmacia. En los siglos XV al XVII, Sant'Apollinare fue un feudo de la ciudad de Lanciano y de algunas poderosas familias de lancianesi. Le ciertas noticias relativas a la existencia de la iglesia de San Pietro, con varios altares dedicados a la Virgen, a Santa Elisabetta, Sant 'Apollinare, San Antonio, se remontan al siglo XVII. En la misma época se encuentra también la iglesia de San Rocco, situada en las afueras de la ciudad, y erigida tras la pestilencia que asoló la zona en la segunda mitad del siglo XVI. Siempre a caballo de los siglos XVI y XVII el castillo llegó a perder su carácter defensivo y fue readaptado a palacio baronial, según las exigencias administrativas del feudo. Posteriormente, el feudo de Sant'Apollinare pasó de la familia Cotugno de Toledo a los Benedetti y luego a los de Onofri di Ortona y Borga di San Vito. A partir de mediados del siglo XIX, Sant'Apollinare se hizo famoso por sus bandas musicales y, aunque no con el brillo del pasado, continuamos con las tradiciones musicales.