Il territorio di San'Apollinare,risultava abitato sin da epoca preromana in quanto sono state rinvenute nei suoi pressi,nelle vicinanze dell'antica strada romana (la frentana) delle tombe italiche. In quanto al nome sebbene non si conosca con precisione l'epoca in cui venne fuori, ha origini molto antiche anteriore all'anno mille, probabilmente l'VIII° secolo dopo Cristo. Per opera di qualche gruppo bizantino sceso fin quì da Ravenna per difendere la bizantina Ortona che é nelle vicinanze.Il primo documento che ne parla é un diploma del 1.047 con cui l'imperatore Enrico III° confermava all'abate di San Giovanni in Venere il possesso della chiesa di Sant'Apollinare. A quest'epoca risale il castello (11°-12° secolo) che é posto all'estremità orientale dell'abitato e conserva ancora qualche traccia delle strutture medioevali. Altri documenti dimostrano che la cittadina,dopo essere stata alle dipendenze dell'Abbazia di San Giovanni in Venere, fù posseduta come feudo da varie famiglie, tra cui i Caprara di Guardiagrele, i Caldora di Vasto.

Nel 1.423 la Regina Giovanna 2°concesse piena immunità di colletta ai cittadini di Sant'Apollinare,perché sia il paese che il castello erano stati distrutti in seguito alle guerre combattute in quel territorio tra Angioini ed Aragonesi.In seguito alla dispersione della popolazione,verso la metà del quattrocento vennero a popolare Sant'Apollinare alcuni albanesi,seguaci del famoso condottiero Giorgio castriota detto Scanderbeg,fuggiti dalle loro terre per l'avanzata dei Turchi e altra gente di origine schiavona provenienti dalla Dalmazia.Nei secoli dal XV° al XVII°,Sant'Apollinare fù feudo della città di Lanciano e di alcune potenti famiglie lancianesi.Le notizie certe relative all'esistenza della chiesa di San Pietro,con i vari altari dedicati alla Madonna,a Santa Elisabetta,a Sant' Apollinare,a San Antonio,risalgono al seicento.Della stessa epoca é pure la chiesetta di San Rocco,posta ai margini del centro abitato, ed eretta in seguito alla pestilenza che infuriò nella zona nella seconda metà del cinquecento.Sempre a cavallo dei secoli 16° e 17° il castello venne a perdere la sua natura difensiva e venne riadattato a palazzo baronale,secondo le esigenze amministrative del feudo.Il feudo di Sant'Apollinare successivamente passò dalla famiglia Cotugno di Toledo ai Benedetti e poi a quelle degli Onofri di Ortona e Borga di San Vito.Dalla metà dell'ottocento in poi Sant'Apollinare divenne famosa per le sue bande musicali e tuttora anche se non coi lustri del passato si continuano le tradizioni musicali.

Sant'Apollinare,che si amministrava come Comune autonomo,fù aggregato in epoca napoleonica al comune di San Vito,ma ha sempre conservato caratteristiche di centro abitato a se,con strutture economiche e sociali autonome.Durante il secondo conflitto mondiale il paese fù teatro di svariati scontri per la conquista della città di Ortona da parte delle truppe alleate e fù sede del comando della prima divisione di fanteria e della prima brigata corazzata canadese comandata dal generale Chris Vokes.Avendo avuto pochi edifici distrutti,nel dopoguerra i Santapollinaresi essendo gran parte di essi agricoltori ed essendo il paese posto su una collina tra il fiume Moro e il torrente Feltrino a soli tre chilometri dal mare,si dedicarono all'impianto di vigneti per uva da tavola e ancor oggi le uve da tavola di Sant'apollinare restano uno dei pregi della cittadina.